La Coordinación General de Ecología, es una Dependencia del Ejecutivo Estatal, creada por Decreto de fecha 2 de Marzo de 1994, tiene como principales atribuciones la protección, preservación y restauración del ambiente, así como la conservación y aprovechamiento racional de los elementos naturales de jurisdicción Estatal, además de ser un órgano permanente de enlace institucional entre las dependencias de los Gobiernos Federal, Estatal y Municipal, así como los sectores de la sociedad civil. Debido a la creciente problemática ambiental en el Estado la Dependencia encargada de proteger el ambiente tiene más y mayores retos, por lo que no puede pasar por alto el uso de métodos y procedimientos que propicien que el quehacer de la Institución sea eficiente y eficaz.

La protección del medio ambiente en el Estado tiene entre sus antecedentes los siguientes: En 1938, se declara Parque Nacional a la montaña La Malinche, y por acuerdo del 27 de Febrero de 1997, publicado en el diario Oficial de la Federación , se transfiere la administración de dicho Parque Nacional a los Gobiernos de Tlaxcala y Puebla, y su Reglamento de manejo se publica en el Periódico Oficial del Estado el 11 de Agosto de 1997.El 2 de Agosto de 1985 mediante publicación oficial, se crea el organismo Público Descentralizado "Empresa para el Control de la Contaminación del Agua del Estado de Tlaxcala "ECCAET". El 17 de Diciembre de 1990, se crea mediante publicación oficial el Sistema para el Control de Residuos Sólidos del Estado de Tlaxcala "SICORT". Hasta el 1º de Marzo de 1994, todas las funciones relativas a la protección ambiental de jurisdicción Estatal estaban en forma supletoria a cargo de Dependencias Federales. El 2 de Marzo de 1994 se publica la Ley de Ecología y Protección al Ambiente del Estado de Tlaxcala que es el instrumento normativo de la Coordinación General de Ecología. De esta emanan siete reglamentos y dos normas técnicas.El 6 de Julio de 1994, mediante publicación en el Periódico Oficial del Estado, se declara Área Natural Protegida de Jurisdicción Estatal " La Ciénega " de Apizaco. El 13 de Agosto de 1997, se declaran mediante publicación oficial como Áreas Naturales protegidas de Jurisdicción Estatal a " La Aguanaja Apatzingo " y "Rancho Teometitla". El 13 de Septiembre de 1997, se deroga el Decreto que crea la Empresa para el Control de la Contaminación del Agua del Estado y dicha paraestatal, pasa a ser unidad administrativa de la Coordinación General de Ecología. El 30 de Septiembre de 1998 desaparece por publicación oficial el Sistema de Control de Residuos Sólidos del Estado y pasa a formar parte de la Coordinación como una unidad administrativa. El 17 de abril del año 2000 se publican reformas a la Ley de Ecología y de Protección al Ambiente del Estado. De conformidad con el Plan de Desarrollo Estatal 1999-2005 así como los propósitos de la Alianza para el Desarrollo Social del Estado, la Coordinación fijó su plan de acción en tres grandes programas: Conservación, Restauración y Evaluación Ecológica Normatividad Ambiental Saneamiento A iniciativa del Ejecutivo el Plan de Desarrollo Estatal en el 2001 fue reestructurado, quedando con los siguientes programas: Administrativo y Despacho Planeación y Evaluación Ecológica Recursos Naturales Normatividad Ambiental Saneamiento Así mismo en el año 2001 se envió la propuesta de cambio de Coordinación General de Ecología a Secretaría de Ecología y Medio Ambiente al Sr. Gobernador y a la Comisión de Administración del Gobierno del Estado para su análisis y autorización, la cual ha sido aprobada y esta en proceso de ser enviada al Congreso del Estado para su validación y autorización dentro de la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado junto otros cambios a dicha Ley. Con la confianza de que con esta nueva estructura orgánica, la Coordinación General hará frente con mayor eficiencia y eficacia a las tareas encomendadas, se tomó la decisión de llevar a cabo la reestructuración orgánica de manera interna, quedando en la espera de recibir la autorización final del Congreso del Estado, razón por la cual se esta trabajando en la implementación del Sistema de Gestión de Calidad considerando la nueva estructura, no olvidando tomar las previsiones necesarias para esta transición.